برنامه سازه‌های هیدرولیکی در سال 1982 تاسیس شد و دومین برنامه تحصیلات تکمیلی در گروه است که بر روی تجزیه و تحلیل و طراحی سازه‌های در تماس با آب از جمله سدها، سرریزها، آبریزها، ناودان‌ها، حوضچه‌های آرامش و سازه‌های دریایی تمرکز دارد. این برنامه شامل دوره‌ها و پروژه‌هایی در زمینه سازه‌ها، هیدرولیک و مناطق ژئوتکنیک است. همچنین دانشجویان علاقه‌مند را برای یک دوره دکترا آماده می‌کند.